Primeiramente é necessário identificar como seu pendrive está montado para isso você pode utilizar alguns comandos como:
# fdisk -l (requer login root)
/dev/sdc1 1944608 1449856 494752 75% /media/SLISPDPEN
ou
# df (não querer login root)
/dev/sdc1 16 7628 1948736 e W95 FAT16 (LBA)
Após identificar utilize os comando:
# mkdosfs -f 32 /dev/sdc1 ( lembre que "sdc1" é como o pendrive foi identificado na minha máquina, logicamente varia de pc para pc)
ou
# mkfs.vfat -c -v /dev/sdc1
A opção "-c" verifica se existem bad blocks no dispositivo
A opção "-v" faz com o mkfs trabalhe com o máximo de saída de vídeo.
Obs1: mke2fs e mkdosfs são variações do comando mkfs.
Obs2: para executar os processo acima é necessário instalar o pacote dosfstools
# yum install dosfstools -y
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